Высшим органом управления ЧОУ ДПО «Рентген-центр» является Учредитель. Основной функцией Учредителя является обеспечение соблюдения ЧОУ ДПО «Рентген-центр» тех целей, для которых оно создано.
Директор осуществляет общее руководство деятельностью ЧОУ ДПО «Рентген-центр» в соответствии с трудовым договором, Уставом, должностной инструкцией и другими нормативно-правовыми актами. Директор действует от имени ЧОУ ДПО «Рентген-центр» без доверенности. Представляет интересы ЧОУ ДПО «Рентген-центр» в государственных и иных органах, предприятиях, организациях и судах. Назначает на должности сотрудников ЧОУ ДПО «Рентген-центр» в пределах полномочий, распоряжается имуществом и средствами ЧОУ ДПО «Рентген-центр», совершает сделки, издаёт приказы, распоряжения, утверждает должностные обязанности сотрудников, применяет меры поощрения и налагает взыскания.